Эстонский Художественный музей был основан 17 ноября 1919 года, но только в 1921 году он получил своё первое постоянное здание – построенный в 18 веке дворец Кадриорг. В 1929 году дворец был национализирован для перестройки и реконструкции в резиденцию президента. Эстонский Художественный музей располагался на нескольких временных площадях до 1946 года, когда вновь был размещён во дворце Кадриорга.

К августу 1991 года дворец был полностью амортизирован. В ноябре того же года Верховный совет Эстонской Республики принял решение обеспечить строительство нового здания для Художественного музея Эстонии в Кадриорге.  До того времени музею в качестве манёвренной площади было передано здание Рыцарства, находящееся в Таллинне на Тоомпеа, где 1 апреля 1993 года была вновь открыта экспозиция. Выставочную деятельность в этом здании Эстонский Художественный музей закончил в октябре 2005 года.  

В конце 1970-х и в 1980-е годы начали работать первые филиалы Эстонского Художественного музея. С 1995 года во всех филиалах музея проводится и активная образовательная деятельность – на различных уроках и в художественных студиях музея могут участвовать как дети, так и молодёжь. В 1996 году был открыт выставочный зал на первом этаже соляного склада Роттермана, где проводились выставки до мая 2005 года. Летом 2000 года вновь был открыт отреставрированный дворец в Кадриорге, но теперь не как главное здание музея, а в качестве филиала – Художественного музея Кадриорга, где экспонируется собрание зарубежного искусства Эстонского Художественного музея.  

К настоящему времени Художественный музей Эстонии вырос в учреждение, состоящее из нескольких различных музеев: Художественный музей Кадриорга (Кадриоргский дворец и музей Миккеля), музей Нигулисте, музей Адамсона-Эрика. Начиная с февраля 2006 года в Кадриорге открыт для посетителей Художественный музей Kumu – новое главное здание Эстонского Художественного музея.

Впервые за свою почти столетнюю историю Эстонский Художественный музей имеет здание, специально соответствующее потребностям музея и достойное эстонского искусства. Kumu – современный многофункциональный художественный музей, объединяющий в себе выставочные залы, аудитории с различными возможностями, а также образовательный центр, задуманный для молодых посетителей и любителей искусства.